Um 1300 dürfte die Kapelle wohl umgebaut oder vergrössert worden sein. Die Unterhaltspflicht für Kapelle und Kaplan oblag dem benachbarten Leprosorium, dem Siechenhaus. Bei unerwarteten Katastrophen überstieg das dessen finanzielle Möglichkeiten.

Als 1419 ein Hochwasser die Kapelle schwer beschädigte, kam ihr der Erlös aus einem Ablass zu Hilfe. Damals unterstand die Verantwortung für den Wiederaufbau bereits dem städtischen Rat; 1383 hatte nämlich das Kloster St. Alban die weltliche Gerichtshoheit von der St. Alban – Vorstadt bis zur Birsbrücke an die Stadt Basel abgetreten.